目前，国内的生物柴油技术很多，专利申请已经301项（截止2007年11月5日），而实际的生产工艺并不多，目前能够投入实际生产且正在使用的工艺流程有如下三种：
一、酸--碱两步法：这是最传统的工艺也是目前自主研制技术的一般企业常用的工艺流程；其优点是能耗低，掌握的好可以真正“免蒸馏”，技术参考资料也比较多；缺点是要经过酸-碱的转化，对于酯化后物料的酸价、杂质、水等要求比较严，容易发生皂化，废水量较大。
二、分离反应法：这也是许多企业在不自觉的情况下采用的，主要思路是采用先蒸馏（汽提）分离脂肪酸的办法，先实现脂肪酸与中性油的物理分离，而后针对脂肪酸和中性油分别采用酯化和碱催化酯交换的办法进行反应，得到统一的甲酯。此法的优点是工艺简单，容易掌握，产品的销售比较灵活；缺点是能耗大，设备要求高（尤其是耐腐蚀）。
三、完全酸催化法：这是一些企业常采用的办法，优点是对于原料要求低，可以处理基本所有原料，采用了非水洗工艺；缺点是能耗高（三种方法中第二），酯化设备的耐腐蚀要求高。
四、需要补充的是，酸催化法尤其适合于植物毛油，对于目前处于热门开发的麻疯树等产油作物，所榨得的毛油不必经过精制，直接进入酸催化。而传统的碱催化则需要经过严格的精制才能进入催化工艺流程。