表中给出了生物柴油与石化柴油的性能比较。可以看出生物柴油在冷滤点，闪点，燃烧功效，含硫量，含氧量，芳烃含量，燃烧耗氧量，对水源的危害以及生物可降解性方面优于普通柴油，而其它指标与普通柴油相当。
| 项目名称 | 生物柴油 | 柴油 |
| 冷滤点（CFPP） 夏季产品（°C） 冬季产品（°C） |
-10 -20 |
0 -20 |
| 20°C的密度（g/ml） | 0.88 | 0.83 |
| 40°C动力粘度(mm2/s) | 4-6 | 2-4 |
| 闪点(°C) | >100 | 60 |
| 可燃性（十六烷值） | >56 | >45 |
| 热值(MJ/l) | 32 | 35 |
| 燃烧功效（柴油=100%）(%) | 104 | 100 |
| 硫含量(w,%) | ≤0.001 | <0.2 |
| 氧含量(V, %) | 10 | 0 |
| 芳烃含量(w,%) | 微量 | ≤25 |
| 燃烧1kg燃料按化学计算法的最小空气耗量(kg) | 12.5 | 14.5 |
| 水危害等级 | 1 | 2 |
| 3星期后的生物分解率(%) | 98 | 70 |